Teisės ir bendrųjų reikalų skyrius užtikrina, kad Lietuvos jūrų muziejaus veikla atitiktų galiojančių teisės aktų reikalavimus, o vidaus valdymo procesai būtų skaidrūs, efektyvūs ir nuoseklūs. Skyrius koordinuoja teisės, dokumentų valdymo, personalo administravimo, darbuotojų saugos ir sveikatos bei korupcijos prevencijos sritis, teikia teisinę ir metodinę pagalbą muziejaus darbuotojams bei vadovybei. Taip pat skyrius prisideda prie organizacijos veiklos tobulinimo, vidaus procesų ir kokybės vadybos stiprinimo, darbuotojų kompetencijų ugdymo bei saugios, etiškos ir atsakingos darbo aplinkos kūrimo.

Rūpinasi kokybišku Lietuvos jūrų muziejaus lankytojų aptarnavimu – teikia informaciją ir konsultacijas, organizuoja bilietų bei paslaugų pardavimą, administruoja bilietų sistemą ir koordinuoja lankytojų srautus. Skyrius užtikrina tvarkingą, saugią ir patogią aplinką muziejaus ekspozicijose, viešosiose erdvėse ir teritorijoje, nuolat tobulina lankytojų aptarnavimo paslaugas bei rūpinasi jų prieinamumu įvairioms visuomenės grupėms. Taip pat skyrius koordinuoja muziejaus savanorišką veiklą, prisideda prie tvarumo iniciatyvų įgyvendinimo ir siekia kurti kuo geresnę lankytojų patirtį muziejuje.

Kuria, organizuoja ir įgyvendina Lietuvos jūrų muziejaus edukacines veiklas, skirtas įvairaus amžiaus lankytojams, siekiant atskleisti Lietuvos jūrinės kultūros paveldo, etnokultūros ir jūrų gamtos vertę bei skatinti aplinkai atsakingą elgseną. Skyrius rengia edukacines programas ir metodinę medžiagą, užtikrina jų prieinamumą įvairioms tikslinėms grupėms, koordinuoja edukacinių paslaugų plėtrą, viešinimą ir kokybės vertinimą. Taip pat skyrius bendradarbiauja su švietimo, kultūros ir kitomis institucijomis, inicijuoja bei įgyvendina nacionalinius ir tarptautinius projektus, prisideda prie parodų ir ekspozicijų edukacinio turinio kūrimo bei rūpinasi saugia ir kokybiška lankytojų patirtimi muziejuje.

Rūpinasi Lietuvos jūrų muziejaus viešąja komunikacija, įvaizdžio formavimu ir rinkodara, siekdamas didinti muziejaus žinomumą bei pritraukti įvairias lankytojų auditorijas. Skyrius planuoja ir įgyvendina komunikacijos, viešųjų ryšių, rinkodaros ir rėmėjų pritraukimo strategijas, administruoja muziejaus interneto svetainę ir socialinių tinklų paskyras, organizuoja informacijos sklaidą bei rinkodaros kampanijas. Taip pat skyrius koordinuoja muziejaus leidybinę ir parodinę veiklą, organizuoja renginius, vykdo lankytojų poreikių tyrimus, plėtoja bendradarbiavimą su turizmo sektoriumi ir prisideda prie Lietuvos jūrinės kultūros paveldo, jūrų gamtos ir aplinkosaugos vertybių sklaidos.

Finansų valdymo skyrius atsakingas už Lietuvos jūrų muziejaus finansų valdymą, finansinės apskaitos organizavimą ir biudžeto planavimą, užtikrinant skaidrų, teisėtą ir efektyvų finansinių išteklių naudojimą. Skyrius rengia finansinius planus, sąmatas ir ataskaitas, administruoja darbo užmokesčio bei kitų mokėjimų apskaitą, vykdo finansų kontrolę ir teikia finansinę informaciją bei analizes, reikalingas valdymo sprendimams priimti. Taip pat skyrius koordinuoja projektų finansų valdymą, konsultuoja muziejaus padalinius finansų ir apskaitos klausimais bei prisideda prie vidaus kontrolės sistemos tobulinimo.

Viešųjų pirkimų ir turto valdymo skyrius organizuoja ir koordinuoja Lietuvos jūrų muziejaus viešųjų pirkimų procesus, užtikrindamas jų teisėtumą, skaidrumą ir efektyvumą. Skyrius administruoja su viešaisiais pirkimais ir turto valdymu susijusius teisinius klausimus, koordinuoja sutarčių rengimą ir vykdymą, rūpinasi muziejaus valdomo turto administravimu, naudojimu ir apskaita. Taip pat skyrius organizuoja turto nuomos, panaudos ir pardavimo procedūras, konsultuoja muziejaus padalinius savo kompetencijos klausimais bei atstovauja muziejaus interesams viešųjų pirkimų, turto valdymo ir teisinių procesų srityse.

Akvariumo ir jūrų gamtos skyrius rūpinasi Lietuvos jūrų muziejuje eksponuojamų jūrų ir gėlavandenių gyvūnų bei jūrų gamtos rinkinių kaupimu, tyrimu, saugojimu ir pristatymu visuomenei. Skyrius užtikrina akvariumų gyvųjų eksponatų gerovę, prižiūri jų gyvenimo sąlygas, technologines sistemas ir ekspozicijų kokybę, rengia jūrų gamtos parodas bei ekspozicijas. Taip pat skyrius vykdo mokslinius tyrimus, dalyvauja tarptautiniame profesiniame bendradarbiavime, prisideda prie edukacinių ir leidybinių veiklų, skleidžia žinias apie jūrų biologiją, gamtosaugą ir jūrų ekosistemų išsaugojimo svarbą.

Jūrų žinduolių ir paukščių skyrius rūpinasi Lietuvos jūrų muziejuje laikomų jūrų žinduolių ir paukščių gerove, priežiūra, veisimu ir ekspozicijų kokybe, užtikrindamas gyvūnams tinkamas gyvenimo sąlygas pagal aukščiausius gyvūnų gerovės standartus. Skyrius organizuoja ir prižiūri pingvinariumo bei lauko baseinų veiklą, vykdo mokslinius tyrimus, dalyvauja tarptautinėse gamtosaugos programose, prisideda prie Baltijos jūros ruonių populiacijos išsaugojimo ir įgyvendina jų reabilitaciją. Taip pat skyrius dalyvauja muziejaus edukacinėje ir visuomenės švietimo veikloje, rengia mokslinį edukacinių programų turinį bei sudaro lankytojams galimybes pažinti jūrų gyvūnus per pažintines veiklas ir parodomuosius maitinimus.

Laivybos istorijos ir rinkinių apskaitos skyrius kaupia, tyrinėja, apskaito, saugo ir skaitmenina Lietuvos jūrų muziejaus laivybos istorijos rinkinius, užtikrindamas jų ilgalaikį išsaugojimą ir prieinamumą visuomenei. Skyrius rengia laivybos istorijos ekspozicijų ir parodų mokslines koncepcijas, organizuoja muziejinių vertybių konservavimą ir restauravimą, prižiūri ekspozicijas bei koordinuoja rinkinių viešinimą Lietuvos integralioje muziejų informacinėje sistemoje (LIMIS) ir kituose kultūros paveldo portaluose. Taip pat skyrius vykdo mokslinius tyrimus, dalyvauja edukacinėje ir leidybinėje veikloje, bendradarbiauja su Lietuvos ir užsienio muziejais bei mokslo institucijomis ir konsultuoja laivybos istorijos klausimais.

Delfinariumo gyvūnų priežiūros skyrius rūpinasi Lietuvos jūrų muziejuje laikomų gyvūnų gerove, kasdiene priežiūra, treniravimu ir jų demonstravimu. Skyrius rengia ir įgyvendina edukacines programas su gyvūnais, dalyvauja delfinų terapijos veikloje, vykdo mokslinius tyrimus ir bendradarbiauja su Lietuvos bei užsienio institucijomis gyvūnų priežiūros, gerovės ir profesinės patirties sklaidos srityse. Taip pat skyrius planuoja ir organizuoja savo veiklą, užtikrina jai reikalingą materialinį aprūpinimą bei prisideda prie muziejaus strateginių tikslų įgyvendinimo.

Delfinų terapijos skyrius vykdo sveikatinimo, edukacinę ir mokslinę veiklą, orientuotą į vaikų ir suaugusiųjų, turinčių negalią ar sveikatos sutrikimų, gerovės stiprinimą. Skyrius teikia specialiosios edukacijos paslaugas, organizuoja individualius ir grupinius užsiėmimus su delfinais, kuria ir taiko inovatyvias gyvūnų asistuojamos terapijos metodikas bei prisideda prie holistinės pagalbos šeimoms. Taip pat skyrius vykdo mokslinius tyrimus, plėtoja tarptautinį bendradarbiavimą, skleidžia mokslo žinias apie delfinų terapiją ir negalią bei prisideda prie visuomenės švietimo ir įtraukties stiprinimo.

Inžinerinių sistemų priežiūros ir remonto skyrius užtikrina Lietuvos jūrų muziejaus techninės infrastruktūros, inžinerinių ir technologinių sistemų patikimą bei nenutrūkstamą veikimą. Skyrius organizuoja ir vykdo pastatų inžinerinių sistemų, elektros, šilumos, vandens tiekimo, nuotekų, technologinių įrenginių priežiūrą, techninį aptarnavimą ir remontą. Taip pat skyrius koordinuoja aplinkosaugos, elektrosaugos reikalavimų įgyvendinimą, prisidėdamas prie saugios ir efektyvios muziejaus veiklos užtikrinimo.